Профессиональный игрок в американский футбол неожиданно узнает о существовании дочери. Появившаяся из ниоткуда дочь помогает спортсмену переквалифицироваться из беззаботного холостяка в примерного отца.
Эпприл где-то на распродаже купила Сплинтеру старую японскую кисеру, а также еще всякие подарки для своих друзей - черепашек. Как оказалось, этот кисеру не просто обычный антиквариат, а прообраз машины времени. Но это работает только в том случае, если вес путешественников во времени одинаков с обеих сторон. Так получилось, что кисеру перевезла Эпприл в феодальную Японию, в 1603 году. Черепахи последовали за ней, но увы, вместо того, чтобы добраться до храма, где, в теоретически, кисеру должны
Черепашки-ниндзя вернулись, и на этот раз им предстоит противостоять злобному клану Фут и их лидеру Шреддеру. С помощью Эйприл О'Нил, профессора Джордана Перри и разносчика пиццы Кено черепахи способны остановить распространение мутирующего мутагена и спасти жителей Нью-Йорка от ужасных мутантов Токки и Разара.